Identificação, classificação e perfil de células assassinas funcionais através da captura de alvo fluorescente

Engenharia Biomédica da Natureza (2023)Cite este artigo

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Os ensaios para avaliar a citotoxicidade mediada por células são em grande parte centrados nas células-alvo e não podem identificar e isolar subpopulações de células efetoras citotóxicas. Aqui descrevemos um ensaio compatível com citometria de fluxo para a identificação precisa e classificação de subpopulações funcionais de células assassinas em co-culturas. O ensaio, que denominamos PAINTKiller (para 'identificação de transferência intracelular por afinidade de proximidade de células assassinas'), baseia-se na detecção de uma proteína fluorescente intracelular 'pintada' por uma célula lisada na superfície da célula citotóxica lisada (especificamente, na célula lise, o éster succinimidílico de carboxifluoresceína derivado de fluoresceína intracelular é capturado na superfície da célula natural killer por um anticorpo para isotiocianato anti-fluoresceína ligado a um anticorpo para o receptor de superfície pan-leucocitário CD45). O ensaio pode ser integrado ao sequenciamento de RNA unicelular para a análise de vias moleculares associadas à citotoxicidade celular e pode ser usado para descobrir correlatos de respostas imunes funcionais.

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Conjuntos de genes característicos selecionados estão disponíveis publicamente no Molecular Signatures Database (MSigDB, v.7.4). Os dados de sequenciamento do PAINTKiller-seq estão disponíveis no banco de dados GEO, com número de acesso GSE207508. Todos os dados necessários para avaliar as conclusões descritas neste artigo estão incluídos no artigo e em suas Informações Suplementares. Os conjuntos de dados brutos e analisados ​​gerados durante o estudo estão disponíveis para fins de pesquisa junto aos autores correspondentes, mediante solicitação razoável. Os dados de origem são fornecidos com este artigo.

O código R para reproduzir as análises mostradas nas figuras está disponível no Zenodo em https://doi.org/10.5281/zenodo.8004120.

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